Keberadaan Kantor Kementerian Agama dipandang sangat strategis dalam upaya mewujudkan masyarakat bangsa Indonesia yang adil, makmur, aman dan damai di bawah lindungan Tuhan Yang Maha esa, karena konsep Kementerian Agama adalah menaungi 6 (enam) agama resmi yang ada di Indonesia (Islam, Kristen, Khatoloik, Hindu, Budha dan Kong Hu Chu), agar keberadaan pemeluk agama senantiasa berada dalam koridor kerukunan ummat beragama yang penuh dengan kedamaian, inovasi dan kreasi.

Tahun 2001 terbit Keputusan Menteri Agama (KMA) tentang keberadaan Kantor Dep. Agama Kab. Bengkayang. Sejalan dengan itu maka tgl. 12 Juni 2001 terbit Surat Keputusan Menteri Agama RI tentang penempatan Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Bengkayang atas nama H. HAIRI SYAFEI.Pada awal tahun 2002 Kantor Departemen Agama Kabupaten Bengkayang menempati Kantor Urusan Agama Kec. Bengkayang, dan awal tahun 2003 menempati bangunan ruko di jalan Blangko Bengkayang dengan status sewa. Pada tanggal 3 Januari 2005 Kantor Departemen Agama Kabupaten Bengkayang menempati bangunan kantor baru di jalan Guna baru Trans Rangkang Bengkayang sampai dengan saat ini.